Modele anatomiczne czaszki odgrywają znaczącą pracę w edukacji medycznej, badaniach naukowych i w praktyce medycznej. Ich znaczenie pochodzi z potrzeby istotnego poznania budowy czaszki, jaka jest jednym z najbardziej złożonych elementów ludzkiego szkieletu. Modele anatomiczne umożliwiają one na dokładne przestudiowanie układu kostnego, wzajemnych więzi pomiędzy poszczególnymi elementami czaszki i na właściwsze zrozumienie mechanizmów urazów, deformacji i choroby. Modele anatomiczne czaszki są także szeroko wykorzystywane w stomatologii. Budowa czaszki ma niebagatelne znaczenie w ocenie oraz pomaganiu schorzeń jamy ustnej, wad zgryzu czy problemów ortodontycznych. W ortodoncji modele anatomiczne czaszki pomagają w analizie struktury żuchwy i szczęki, co umożliwia dokładne zaplanowanie leczenia aparatami ortodontycznymi. Nie bez znaczenia są także modele anatomiczne czaszki w medycynie sądowej i antropologii. Modele anatomiczne czaszki, które różnią się stopniem szczegółowości także surowcem wytworzenia. Jednym z niezwykle istotnych typów są standardowe modele anatomiczne czaszki ludzkiej, przedstawiające podstawowe kości także ich związania. Modele anatomiczne tego typu są często wykorzystywane w szkolnictwie również służą do nauki podstawowej anatomii czaszki. Inną kategorię stanowią modele anatomiczne czaszki z ruchomymi elementami, które pozwalają na lepsze zrozumienie połączeń pomiędzy kośćmi i mechanizmów ich ruchu, co jest wyjątkowo pomocne w ortodoncji i chirurgii szczękowej. W znacznie rozwinięte modele anatomiczne czaszki mogą być rozkładane na pojedyncze kości, co umożliwia na prawdziwe badanie niektórych elementów. Dzięki temuż można zobaczyć, w jaki sposób poszczególne kości są ze sobą połączone, które mają kształty oraz które formy anatomiczne się na nich znajdują.

Tego typu modele anatomiczne są bardzo pomocne w nauce anatomii i chirurgii, ponieważ dają szczegółową analizę struktur trudnych do zobaczenia w rzeczywistej czaszce. Innym rodzajem są modele anatomiczne czaszki z zaznaczonymi strukturami anatomicznymi, które pomagają w nauce szczegółowej anatomii. W takich modelach drugie elementy czaszki są oznaczone barwami, co pomaga ich identyfikację. Na przykład kości tworzące podstawę czaszki mogą być zaznaczone różnym odcieniem niż kości sklepienia, a kanały nerwowe i otwory mogą być wyróżnione w sposób ułatwiający ich zapamiętanie. Jest to zwłaszcza dobre dla uczniów medycyny, jacy muszą pokonać skomplikowaną terminologię anatomiczną. Dla bardziej zaawansowanych użytkowników dostępne są modele anatomiczne czaszki z odzwierciedlonymi strukturami nerwowymi i naczyniowymi. Tego typu modele anatomiczne mają przebieg nerwów czaszkowych i naczyń krwionośnych, co jest znacznie cenne w nauce neuroanatomii i neurochirurgii. Dzięki nim można prześledzić ścieżki rozwoju nerwów, ich umieszczenie względem struktur kostnych oraz miejsca, w jakich mogą być one uciskane lub uszkadzane. Nowa metoda daje również na tworzenie modeli czaszki w technice druku 3D. Modele anatomiczne te mogą być przygotowywane na podstawie rzeczywistych danych tomograficznych, co umożliwia na odwzorowanie indywidualnych cech anatomicznych pacjenta. Takie modele anatomiczne są wyjątkowo pomocne w planowaniu operacji chirurgicznych, ponieważ dają lekarzom wcześniejsze przećwiczenie strategii na dokładnym odwzorowaniu czaszki pacjenta. Metoda ta jest też stosowana w rekonstrukcji buzi w wypadkach urazów i deformacji wrodzonych.